A Grande Reserva Mata Atlântica é subdividida em quatro principais Setores. Estas regiões apresentam características únicas e complementares, históricos distintos em sua relação com o turismo e a conservação da natureza, e essa setorização permite tanto promover e fortalecer ações conjuntas por pessoas da região quanto facilitar o acesso do visitante com base na experiência que se busca. Na prática, alguns locais e atrativos da Grande Reserva já estão consolidados como regiões turísticas há décadas, porém estas regiões funcionam de forma independente e desagregada, tornando-se destinos pontuais em si mesmos, o que atende principalmente a uma demanda local ou estadual de turismo, porém são insuficientes para atingir escalas maiores, como o mercado nacional ou até internacional.
Cada Setor da Grande Reserva apresenta extremos em seu território com atrativos consolidados e áreas onde o turismo é menos desenvolvido, isso gera uma oportunidade mútua, onde as áreas mais conhecidas funcionam como um atrativo “âncora” atraindo pessoas, e os atrativos menos conhecidos diversificam o cardápio de opções e permitem estadas mais longas e pacotes completos sendo oferecidos nessas regiões.
Cada Setor possui suas próprias características e desafios, isso estabelece um campo fértil, não só de parcerias entre empresários, operadoras de turismo, prefeituras e instituições, mas também uma possibilidade de troca de experiências e intercâmbios entre estas regiões. Desta forma, a Grande Reserva funciona como uma plataforma que promove o trabalho em conjunto em diferentes níveis por um objetivo em comum, que é o desenvolvimento com base nas diversas riquezas naturais, culturais e históricas de todo esse território.
O Setor Litoral do Paraná é o verdadeiro núcleo da Grande Reserva Mata Atlântica, tanto por sua posição central quanto por sua incrível variedade ambiental, que vai da Serra do Mar às lindas baías, praias e ilhas.
O Setor Rotas do Pinhão compreende boa parte da Região Metropolitana de Curitiba, em especial, uma área de altíssima importância para os moradores da maior cidade do estado, pois é desta região é que vem a maior parte da água que abastece toda essa população e suas atividades econômicas. É a combinação das montanhas com a densa floresta bem preservada que faz desta região um relevante vertedouro de água pura.
O Setor Serra Mar Sul é a porção catarinense da Grande Reserva Mata Atlântica, uma região de beleza natural única que vai do litoral e da baía Babitonga até os municípios serranos e do planalto Norte do estado. O vislumbre escarpado da Serra Dona Francisca oferta uma combinação de linda paisagem com atrativos gastronômicos típicos das comunidades alemãs que ali vivem.