Procurando descobrir ouro em outras localidades paranaenses, partiram de Paranaguá duas expedições, uma em 1.649 e outra em 1.651. O resultado foi animador, pois Ébano Pereira, chefe das duas expedições, registrava em um relatório a descoberta de ouro em rios do planalto. A notícia da descoberta de ouro nestes rios provocou o surgimento do Arraial Grande, um pequeno povoado situado junto ao Rio do Arraial. Na mesma época do surgimento deste povoado, diversos portugueses se tornaram proprietários de grandes extensões de terras no espaço hoje ocupado pelo Município. Entre eles, estava o Padre João da Veiga Coutinho que se tornou dono das fazendas Águas Bellas e Capocu. A Fazenda Águas Bellas possuía uma excelente localização, pois era cortada por importantes caminhos percorridos pelos primeiros colonizadores. Foi nesta Fazenda, provavelmente junto à sua sede, que no ano de 1.690 ocorreu a inauguração da Capela de Bom Jesus dos Perdões. A presença da Igreja Católica era importante para o lugar isto porque, na época, a Igreja fazia parte do processo administrativo de colonização. Com a inauguração desta Capela, o espaço são-joseense passou a ter uma autoridade que representava o Governo Português. Pouco tempo depois, no ano de 1.721, o Ouvidor Geral Raphael Pires Pardinho solicitava a eleição das primeiras autoridades para a Freguesia de São José. No dia 16 de julho de 1.852, foi sancionada a Lei nº 10 da Província de São Paulo, criando a Villa de São José dos Pinhaes. A sua instalação e a posse solene dos primeiros vereadores ocorreu no dia 08 de janeiro de 1.853. Com a Lei Estadual nº 259, de 27 de dezembro de 1.897, esta vila recebeu a categoria de cidade. Assim, a sede do Município passou a ser a Cidade de São José dos Pinhais.