Berço da cultura catarinense, São Francisco do Sul era habitada desde tempos imemoriais por povos denominados “Sambaquianos”, que viviam adaptados ao ambiente estuarino. Depois a região foi dominada pelos ameríndios de etnia tupi-guarani, apelidados pelos colonizadores de “carijós” no litoral sul e parte do sudeste. O primeiro relato da chegada de um navegador europeu é datado de 5 de janeiro de 1504, com a expedição do navegador francês Binot Paulmier de Gonneville a bordo do veleiro L`Espoir. O povoamento efetivo só aconteceu em 1658, a partir da vinda do vicentista Manoel Lourenço de Andrade, que trouxe famílias, agregados e escravos. Assim, em 1660 o povoado foi elevado à categoria de vila e, posteriormente, em 1665, tornou-se paróquia. A cidade, então, foi fundada pela Lei 249 de 15 de abril de 1847.