O povoamento do centro de Juquitiba teve origem com o casal Manoel Jesuíno Godinho e Francisca Maria da Penha, que doou uma área de sua propriedade para ser construída uma capela. Em torno desta começaram a surgir as primeiras residências. O vilarejo passou a denominar-se Capela Nova da Bella Vista do Juquiá, nome que perdurou até 27 de dezembro de 1907, quando foi alterado por meio da Lei nº 1.117, para Juquitiba (Y-CU-TIBA), que em Tupi-Guarani significa “Terra de muitas águas”, devido à presença de grandes mananciais. A construção da Rodovia Federal BR-116, a partir de 1960, que atualmente liga São Paulo ao Sul do Brasil, modificou profundamente o sertão, pois as comunicações intensificaram-se. Assim, Juquitiba foi elevada à condição de município em 1964, depois, em 28 de março de 1965, tomaram posse seus primeiros governantes. Então, o município foi integrado à área da Grande São Paulo na década de 1970, pela Lei nº 14, de 8 de junho de 1973.