Por volta de 1770, é fundada a Vila de Nossa Senhora da Conceição da Marinha. A vila chegou a ter Câmara e corpo de vereadores, igrejas e cemitérios. No começo do século XX, a Vila de Pedrinhas começou a ser formada através da pesca e do extrativismo. Em 1938, o território de Ilha Comprida é dividido em 70% para Iguape (45 Km) e 30% para Cananéia (29 Km). O desenvolvimento imobiliário se dá no início dos anos 50. Em 1987, Ilha Comprida é declarada Área de Proteção Ambiental (APA) Estadual. O movimento pela emancipação ganha força em 1990, com um grupo de pessoas buscando melhores condições a vila. Em 27 de outubro de 1991, o plebiscito dá a vitória com 87% dos votos à emancipação, que é promulgada em 5 de março de 1992, data oficial da emancipação do município. Elevada à condição de Estância Balneária em 07 de dezembro do mesmo ano.