Oficialmente, Iguape foi fundada em 3 de dezembro de 1538. A data de fundação atual foi estabelecida em 1938, pelo então prefeito, Manoel Honório Fortes, o qual incumbiu uma comissão de historiadores paulistas, presidida pelo ilustre Afonso d’ Escragnolle Taunay, para estabelecerem a data provável da fundação, sendo aceito o dia 3 de dezembro de 1538, baseados em documentos históricos que usam como referência a data de separação de Iguape e Cananéia. Ainda no século XVI, foram descobertos os primeiros sinais de ouro na região. Devido à sua abundância, a procura logo se intensificou e rapidamente a exploração do ouro de aluvião se tornou a principal atividade econômica do município. Para evitar o contrabando e intensificar a cobrança de impostos pela coroa portuguesa, foi fundada, por volta de 1630, a Casa de Oficina Real de Fundição de Ouro, que é considerada, por alguns historiadores, como a primeira do gênero no Brasil. No casarão onde funcionava a fundição, hoje está o museu do município. Com o esgotamento das minas e com o descobrimento de ouro no interior do Brasil, especialmente em Minas Gerais, o município rapidamente entrou em declínio, voltando depois a crescer com o desenvolvimento da indústria de navegação e com a plantação de arroz.