Em tupi-guarani, Guaraqueçaba significa “Lugar do Guará”, uma ave de cor bem avermelhada, que era abundante na região, mas hoje quase em extinção. A colonização da região começou como a chegada dos portugueses ao Paraná por volta de 1545. Por volta de 1638, Gabriel de Lara, fundador da capitania de Paranaguá, descobriu uma rica lavra de ouro nas encostas da Serra Negra. Com a descoberta, vieram os mineiros e os aventureiros para explorar os rios cavalgando o ouro de lavagem em diversos locais. Logo a seguir, com a chegada dos jesuítas, que fundaram em Superagui um estabelecimento agrícola e religioso, construiu-se o primeiro aglomerado humano da região. Foi só no Século XIX, quando Cipriano Custódio de Araújo e José Fernandes Correia construiram uma capela no morro do Quitumbê, que foram surgindo em torno dela as primeiras edificações, formando em pouco tempo o povoado. Este povoado foi elevado em 1854 à freguesia e, em 1880 à município, sendo anexado a Paranaguá como simples distrito. Em 1947 sua autonomia foi restaurada e o município novamente instalado.